Okulumuz 1993 yılında Erbaa Anadolu Lisesi adıyla bir kurucu müdür, bir müdür yardımcısı, 3 öğretmen ve 72 öğrenciyle geçici olarak özel idareye ait Hakimiyet-i Milliye İlkokulunda öğretime başlamıştır.

   04.10.1999 tarihinde işadamı Yılmaz KAYALAR´ın yaptırdığı yeni okul binasına taşınmış ve bu tarihten itibaren Yılmaz Kayalar Anadolu Lisesi adı altında öğrenim vermeye başlamıştır. Yılmaz Kayalar Anadolu Lisesi Orta Öğretim Genel Müdürlüğü´nün 17/02/2011 tarih ve 1177 sayılı kararı ile Yılmaz Kayalar Fen Lisesine dönüştürülmüştür.

   Okulumuza ait Erkek Öğrenci Pansiyonu, Erbaa Kaymakamlığı Sosyal Yardımlaşma ve Dayanışma tarafından yaptırılmış olup, 27/09/2011 tarih ve 1808 sayılı Ortaöğretim Genel Müdürlüğü'nün onayı ile 93 kapasiteli olarak hizmete açılmıştır. Pansiyon kapasitesi 2019 yılında 108 öğrenci olarak yeniden belirlenmiştir.